奥州探題が設置されたのとほぼ同時期、出羽にも羽州探題が設立され、斯波奥州家の分流の斯波出羽家が探題を世襲する。この一族が最上氏である。
最上氏もやがて伊達氏の傘下に組み込まれ傀儡化されたが、次第に独立を果たし、最上義光の時に出羽に領国を広げ、庄内地方をめぐり上杉氏と激しく抗争した。その後、関白豊臣秀吉の小田原の役に参陣し20万石の大名として所領を安堵される。豊臣秀吉の死後は、徳川家康率いる東軍に加わり、西軍の上杉景勝から攻撃され、窮地に立たされた。しかし関ヶ原での西軍敗北の報が届くと上杉軍は撤退し、庄内地方の奪取にも成功。この功により、最上家は58万石の大大名に列せられた。しかし、孫の最上義俊の代に御家騒動が起こり、江戸幕府の命により改易とされ、大名としての最上氏は滅亡した。
義俊は改めて近江国に一万石を与えられたが、義俊の死後、子の義智が幼少であったため5000石に減ぜられ、子孫は交代寄合として続いた。義俊の叔父で御家騒動の原因でもあった山野辺義忠は徳川頼房に取り立てられ、子孫は水戸藩家老の山野辺家として続いた。
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高水寺城を拠点に栄えた斯波氏（奥州斯波御所家）の一族は斯波家長の直系子孫。一応、『続群書類従』には簡易な系図が挙げられているものの裏付となる資料も乏しく、系図は必ずしもはっきりしていない[1]。高水寺斯波氏は、名族であることから「斯波御所」「奥の斯波殿」と尊称され、書札礼でも大崎氏と同格であった。永享7年(1435年)に発生した和賀・稗貫の乱では大崎氏の職務代行者として北奥の諸氏を指揮している。斯波詮高の代には岩手郡滴石(岩手県雫石町)の戸沢氏を攻略し、角館へ退去させるなど積極的な拡大も見られた。詮高は庶子を新領に配置し、それらは居館の地名から「滴石御所」、「猪去御所」と呼ばれる。
また、和賀氏や阿曽沼氏庶流鱒沢氏、九戸氏らと婚姻関係や養子縁組を積極的に行い、大いに威をはった。詮高の死後には南部氏の圧力が増し、斯波詮直のときに入婿していた九戸政実の弟中野直康が南部氏に寝返り、岩清水義教や大萱生秀重を諜略した。1586年、南部氏に内通した家臣岩清水義教を攻めたことから南部信直の侵攻を受けた。詮直は領内に動員令を発したが、多くの家臣は離反し南部軍に投降するか屋敷に篭り、高水寺城に駆けつけたのは義教の兄岩清水義長、家老細川長門守、稲藤大炊助など少数だった。詮直は高水寺城を放棄して大崎氏のもとへ逃亡。岩清水義長は高水寺城で戦死する。斯波詮直はその後諸国を放浪し、その子孫は南部氏に仕えたとも、二条家に仕えたともされている。