生態系は広大な森林から小さな池まで様々な大きさのものがある。それぞれの生態系は砂漠や山地、海や川など地理学的な障壁で分離されていることが多い。あるいは、このような障壁で分離されている場合に、その内部をひとつのまとまりと見なしやすい。これらの境界は絶対的なものではないため、生態系どうしが混ざりあう。その結果、スケールの視点を変えることで、地球全体を一つの生態系と見たり、逆に湖をいくつかの生態系に分割したりすることができる。
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一般には、見かけのはっきり違う自然環境は、それぞれを独立の生態系と見なす。例えば森林生態系とか、海洋生態系などと呼ぶ。池沼などは、輪郭がはっきりしているので、それを独立したものと見なすのは何となく納得がいくが、実際には多くの物質が流入放出され、また多くの生物が出入りする。そのことを前提にして考える必要はある。